Hanya beberapa minggu setelah Peter Bishop membuat semua perbedaan dan kemudian dibersihkan dari kehadiran, gencatan senjata antara dua alam semesta tetap tidak bercacat dan pihak yang berbeda dipaksa untuk bekerja sama. Lincoln Lee bergabung dengan grup Fringe saat mereka meneliti kasus pengubah bentuk yang dekat dengan rumahnya.